企业网站的物理结构体现为网站在服务器上的目录结构。通常，网站的物理结构不应十分复杂，层次也不应太多，应该根据网站文件的功能、地位和大致的逻辑结构来建立树状的目录结构。例如主页的HTML文件一般直接放于服务器虚拟路径的根上，与之相关联的资源(如图片、声音等)作为一个一级目录，其他的一级页面构成各个一级目录，而在一级页面的目录里存入与之相关的资源和二级真面构成的目录，类似地再往下分为三级目录等。

　　目录结构是一个容易忽略的问题，很多网站规划人员都是未经规划，便随意创建网站的子目录。目录结构的好坏，对浏览者来说并没有什么太大的感觉，但是对于站点本身的上传维护、内容未来的扩充和移植有着重要的影响。下面是建立目录结构的一些建议。

　　(1)不要将所有文件都存放在根目录下

　　大部分网站都是边建设边充实的，在起初，因内容较少，网页制作人员往往为了方便，将所有文件都放在根目录下，这样的缺点在于：一是文件管理混乱。常常搞不清哪些文件需要编辑和更新，哪些无用的文件可以删除，哪些是相关联的文件，影响工作效率。二是上传速度慢、服务器一般都会为根目录建立一个文件索引。当将所有文件都放在根目录下，那么即使只上传更新一个文件，服务器也需要将所有文件再检索一遍，建立新的索引文件·很明显，文件量越大，等待的时间也将越长。这样就大大影响了工作的效率，所以，建以尽可能减少根目录下的文件数量。

　　(2)按栏目内容建立子目录

　　子目录的建立，首先按主菜单栏目建立。例如，网页教程类站点可以根据技术类别分别建立相应的目录，如Flash、Dhtml、Javascript等;企业站点可以按公司简介、产品介绍、价格、在线定单、反馈联系等建立相应目录。其他的次要栏目，类似what's new、友情链接内容较多，需要经常更新的可以建立独立的子目录：而一些相关性强，不需要经常更新的栏目，例如;关于本站、关于站长、站点经历等可以合并放在一个统一目录下。所有程序一般都存放在特定的目录。例如：CGI程序放在cgi-bin目录。便于维护管理。所有需要下载的内容也最好放在一个目录下。

　　(3)在每个主目录下建立独立的images目录

　　默认的一个站点根目录一般下都有一个images目录。刚开始制作网页时，可能都习惯将所有的图片都存放在这个目录里。可是这样其实是非常不方便的，当需要将某个主栏目打包供访问者下载，或者将某个栏目删除时，图片的管理就变得相当麻烦。经过实践发现：为每个主栏目建立一个独立的images目录是最方便管理的。而根目录下的images目录只是用来放首页和一些次要栏目的图片。

　　(4)目录的层次不要太深

　　网站设计中最容易犯的错误就是目录的层次太深。建议目录的层次不要超过3层，以利于维护管理。

　　(5)全局的资源应该放在根目录下的Global目录下

　　诸如inc文件(incJudefile，asp中的头文件)、各页面共享边框的logo、图片等文件，应该统一放在该目录下，便于管理，并且目录名也不应随意改变，方便不同管理员的管理。

　　(6)其他注意事项

　　①不要使用中文目录。网络无国界，因编码的差异以及异地服务器解释程序的差异可能使中文目录网址的正确显示造成困难。

　　②不要使用过长的目录。尽管服务器支持长文件名，但是太长的目录名不便于记忆。

　　③尽量使用意义明确的目录，，例如上面的例子中，可以用F1ash、Dhtml、JavaScript来建立目录，也可以用1、2、3建立目录，但是当然是前者更便于记忆、管理。

　　随着网页技术的不断发展，在利用数据库或者其他后台程序自动生成网页的技术越来越普遍以后，网站的目录结构也可能飞跃到一个新的结构层次。